Součástí eZdravotnictví musí být i jednoznačná identifikace subjektů v rámci zdravotnictví. Tu zavádí Kmenové registry jako referenční identitu ve zdravotnictví.

1. Pacient: Vede jej kmenový registr pacientů, je identifikován Kmenovým identifikátorem pacienta a ve zdravotnictví se jiný univerzální identifikátor nepoužívá (viz konec používání rodných čísel).
2. Poskytovatel: vede jej Kmenový registr poskytovatelů zdravotních služeb a do něj zapisují příslušné registrující orgány.
3. Zdravotnický pracovník: vede jej Kmenový registr zdravotnických pracovníků a platí, že kdo v něm není zapsán, není zdravotnický pracovník. Je identifikován Kmenovým identifikátorem zdravotnického pracovníka a to i ve vazbě na každého poskytovatele, u kterého je zaměstnán.

Obecně platí, že pokud subjekt není v příslušném kmenovém registru, jakoby neexistoval. Zásadní je to zejména u poskytovatelů a zdravotnických pracovníků.

Co se týče pacientů, ti buď ve kmenovém registru jsou, ale pokud poskytovatel se setká s neevidovaným pacientem, má nově povinnost zapsat neevidovaného pacienta do kmenového registru.